Nunca he intentado instalar Windows en Qubes, pero este video en YouTube explica cómo instalar un sistema operativo a partir de un ISO. Utiliza el ejemplo de Peppermint OS, pero el mismo proceso debería funcionar para Windows.
También he encontrado estos recursos en el sito qubes-os.org:
Nota: @Adrian Separé esta pregunta en uma conversación nueva. En general es mejor separar la preguntas en conversaciones distintas para que quién tenga preguntas similares en el futuro pueda encontrar las respuestas más fácilmente.
@gonzalo me parece genial yo estoy aprendiendo y quiero sacar el máximo de provecho a qubes asi si te va seguimos en contacto por aqui. Me avisas y muchas gracias