Nein, kannst eigentlich nichts machen - oder anders: Du hast das schon alles korrekt gemacht. Ich würde jetzt noch folgendes versuchen, weil man ja nicht genau weiss was alles bei der Installation passiert:
- Installation im Template
- Installation in der AppVM
- Restart des Templates
- Restart der AppVM
- schauen, ob sich irgendwas bei Start ändert <<-- diesen aber nicht über nen Icon im Menü sondern im Terminal (in der AppVM oder im Template) starten lassen, so dass man mehr sieht (als nur ne nicht-startende App).
Das ist jetzt “meine Laienhafte” herangehensweise. Wenn das nicht fruchtet, dann müsste hier mal jemand mit “mehr Kenntnis zu Qubes” reingrätschen und evt. mal paar Infos geben, wie und wo man beim Template evt. Systemeinstellungen des Programms “permanent” hinterlegen kann, so dass die nach nem Neustart nicht verloren gehen.