Hallo,
ich habe noch keine praktische Erfahrung mit Qubes OS will dieses aber installieren und nutzen.
Kann man einem Qube direkten Zugriff auf das Internet geben oder funktioniert die Nutzung nur über Whonix/Tor?
Die Nutzung von Tor ist rein optional. Standardmäßig werden eigentlich nur Verbindungen über die Firewall und dann zum Netzwerk gemacht. Du kannst recht einfach und ohne Probleme einen VPN oder Tor dazwischen schalten.
Prinzipiell kannst du alles über Tor machen, wenn du willst, also alle Updates und alle AppQubes die Internet haben nur über Tor verbinden, aber musst es nicht. „Alles kann, nichts muss“!
Und du kannst das auch sehr einfach in den Einstellungen ändern.
Ich selbst benutze meist nur eine Verbindung über einen VPN für quasi alles und mache nur die dom0 und Whonix Template Updates sowie meine Websuchen mit Tor (über einen VPN).
Edit: Das hängt aber natürlich von deinen Präferenzen und deinem Threat-Model ab. Tor macht Updates beispielsweise schon etwas länger, aber das stört mich persönlich nicht wirklich 
Herzlichen Dank für die schnelle und ausführliche Antwort
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