Olá comunidade!
Estive problemas ao utilizar o atualizador localizado na barra de tarefas do qubes. Então consegui solucionar entrando no whonix-ws-16 e com os comandos:
apt update
apt dist-upgrade
Comecei a fazer atualizações diretamente dentro dos sistemas pois sempro tenho problemas com o Update das Vm’s do Qubes. Espero ajudar.