Du solltest nur die Qubes sichern, die Du selbst über die Zeit veränderst. Mit Verändern meine ich quasi das abspeichern von Daten in einem Qube und/oder das Löschen von daten, so dass der entsprechende Qube verändert zum Original Installationsstand wurde.
Mit anderen Worten: die Management Qubes oder solche wie sys-net, sys-firewall usw. würde ich zwar immer mit sichern, aber nach einer Neuinstallation nicht wieder herstellen, sondern auf die frischen VMs zurückgreifen, die es nach einer Neuinstallation wieder gibt.
In Deinem Fall kannst Du aber auf alle Deine Qubes aus Deinem Backup zurückgreifen (wieder herstellen), wenn Du quasi die bereits bestehenden Qubes der Neuinstallation ausschaltest und ggf. umbenennst (z.B. sys-net-original oder sys-net-neu).
Bei bestimmten VMs wird das schwierig, da sie anderswo schon als system Qubes eingetragen sind (z.B. sys-whonix als UpdateVM) - da wird Dir dann angezeigt, dass eine Umbenennung nicht geht, weil der Qube z.B. “als UpdateVM eingebunden ist”. Ähnlich ist es auch bei Deiner Meldung der management_dispvm…
Das bekommst Du nur hin, wenn Du hier eine Umbenennungs-Orgie für die entsprechenden Qubes veranstaltest. Das ist aber eigentlich sinnloser Aufwand, da solche Qubes meisst nicht von Dir verändert wurden und somit bei Neuinstallation ähnlich denen sind, wie Du sie schon im Backup hast.